糖生物学研究必备数据库与工具导航
美国 NIH 资助的数据整合项目,集成了糖结构、糖蛋白、基因和功能数据,是目前最全的入口之一。
日本集成的糖科学门户,整合了 GlyTouCan、GlycoProtDB 等多个重要子库,界面友好。
瑞士生物信息学研究所提供的糖生物学工具集合页面,包含 GlycoMod, GlycanMass 等经典工具。
国际糖结构存储库。类似于 PDB 或 GenBank,为每一个独特的糖链结构分配唯一的 Accession Number。
专注于糖基化位点和糖蛋白结构的数据库,包含大量质谱验证的 O-糖和 N-糖数据。
碳水化合物结构数据库,重点收录细菌、真菌和植物的糖链结构及 NMR 数据,做天然产物必备。
碳水化合物活性酶数据库。糖生物学界的“圣经”,对糖苷水解酶、转移酶等进行家族分类 (GH, GT 等)。
基于结构分类的凝集素数据库,提供凝集素的三维结构、特异性结合糖链的信息。
虽然主要是蛋白酶库,但对于研究糖蛋白的酶切处理(如切除多肽部分)非常重要。
经典的 N-糖基化位点预测服务器,基于人工神经网络预测 Asn-Xaa-Ser/Thr 序列。
预测粘蛋白型 GalNAc O-糖基化位点的工具,最新版利用了神经网络。
输入实验测得的质量数,预测可能的寡糖组成结构。是解析糖组学质谱数据的经典工具。
NCBI 提供的 SNFG (Symbol Nomenclature for Glycans) 官方指南。查看那个蓝色方块和绿色圆圈到底代表什么。
最常用的糖结构辅助绘图与质谱注释软件(Java程序),支持半自动绘图和碎片离子计算。
基于 Web 的工具,通过输入简单的文本代码(IUPAC字符串)自动生成符合 SNFG 标准的高质量糖链图片。